保护区面积367.6公顷，主要保护对象有红树林和鸟类。现有原生红树植物16种，其中本地自然生长的红树植物7种，如秋茄、白骨壤、桐花树、海漆、老鼠簕、木榄等。
记录有鸟类约200种，其中卷羽鹈鹕、白肩雕、黑脸琵鹭、黑嘴鸥等23种为珍稀濒危物种。是全球濒危鸟类黑脸琵鹭的第二大越冬地。据2020年全球同步调查，全球4864只黑脸琵鹭，福田红树林共有361只，约占全球总量的7.4%。每年有近10万只长途迁徒的候鸟在此越冬和停歇，是东亚-澳大利西亚候鸟迁徙通道上重要的“越冬地”“中转站”和“加油站”。
每年冬天，国家二级保护动物黑脸琵鹭会成群结队迁徙到福田红树林过冬。
各种鸟类在围基鱼塘栖息和觅食
